Początki i najstarsza historia kompleksu Angkor jest związana z rządami Imperium Khmerskiego, które przypadały na lata od 802 do 1432 roku. W jego skład wchodzi między innymi świątynia Angkor Wat, która prawdopodobnie miała stanowić mauzoleum dla króla Suryavarmana II. Wybudowana w pobliżu ówczesnej stolicy państwa Jaszodharapury (obecnie Phnom Bakheng), poświęcona została hinduskiemu bogowi Wisznu. W czasie swojego istnienia co najmniej dwa razy zmieniał się jej charakter – za czasów panowania ostatniego z „królów-budowniczych”, Dżajawarman VII (1122/1125-1218) Angkor Wat zostało przemianowane na świątynię buddyjską, zaś po jego śmierci, przywrócono jej pierwotne przeznaczenie.
Z uwagi na to kiedy zbudowano Angkor Wat, miejsce to zachwyca bardzo oryginalną architekturą, wyróżniającą je na tle pozostałych kambodżańskich zabytków. Najbardziej charakterystycznym elementem budynku są wieże w kształcie kwiatu lotosu, z których najwyższa ma aż 65 metrów. Na uwagę zasługują również bogate zdobienia, płaskorzeźby oraz posągi, które nawiązują nie tylko do hinduizmu oraz buddyzmu, ale również kultury samego ludu khmerskiego.
Pod koniec XII wieku, niecały kilometr od Angkor Wat, rozpoczęła się budowa nowej stolicy kraju, miasta Angkor Thom. Było ono inicjatywą wspominanego już Dżajawarman VII, który uważany jest za jednego z największych władców państwa khmerskiego lub Angkoru, jak obecnie nazywa się ten dawny kraj. Chcąc podkreślić swoją potęgę, postanowił on wybudować potężne miasto o dużym znaczeniu. I to mu się zdecydowanie udało. Angkor Thom, co w języku khmerskim oznacza dosłownie „wielkie miasto”, powstało na planie kwadrata, w którego centrum znalazła się świątynia Bajon. W jego skład, prócz zabudowy mieszkalnej, wchodziła również rozbudowana infrastruktura, w tym zbiorniki, zabezpieczające dostęp mieszkańców do wody.
W najlepszym okresie Angkor Thom zajmowało obszar 400 km² (dla porównania Nowy Jork ma powierzchnię 1 213 km²), a zamieszkiwało go aż milion mieszkańców, co czyniło go największą metropolią tamtych czasów.